消えたアイコンは全部サーバーの共有フォルダへのショートカットでした。

Windows7にはデスクトップ上の壊れたアイコンを自動消去する機能があるようです。
詳細はMicrosoft サポートサイトをご参照下さい。

共有フォルダへの一時的なアクセス不能が原因で消されたようです。
対策はデスクトップにフォルダを作ってその中にショートカットを入れておく。

なお、壊れたアイコンが4つを超えると消去する仕組みなので
4つまでならデスクトップにおいても大丈夫。

ご参考までに、PowerShellスクリプト(TS_BrokenShortcuts.ps1)を修正して
「4つまで」を好きな数に変更する方法がコミュニティに公開されています。