L2TPで接続できない原因はほぼルーターUPnPの不具合です。まずはルーターを再起動して様子を見てください。
 UPnPはほとんどすべてのルーターが対応していますが、経年変化などで正常に動作しなくなっているものも多いようです。
 UPnPに問題があるようなら手動でルーターのポート開放(UDP 500 と UDP 4500)を設定してください。※1

 ちなみに当方自宅のルーターは新品の時からUPnPで開けたポートが数日で閉じ、再起動するまでUPnPに応答しないといったシロモノです。再起動しても数日で元の木阿弥なので手動でポート開けました。

 手動でポート開放する場合はラズパイのIPを固定する必要があります。ルーターに固定DHCP(登録MACアドレスに指定IPを当てる)機能があれば、それを使うのが手っ取り早くOS入替え時にも楽でイイです。
 ルーターにその手の機能がない場合は下記のようにラズパイのインターフェース設定を変更します。※1

 Raspberry Pi の一般的な設定と違い、VPNpiでは実体のインターフェース(eth0)ではなくブリッジデバイス(br0)にIPを当てることにご注意ください。

1) VPNpi-160912.img (WebCTRL ver.2.00以降 Raspbian Jessie )の場合

/etc/dhcpcd.conf の最後、下記4行を修正してください。
(元の状態は行頭の#でコメントアウトされています)

interface br0
static ip_address=192.168.11.240/24
static routers=192.168.11.1
static domain_name_servers=192.168.11.1

 上記はルーターが192.168.11.1でIPを192.168.11.240に固定する場合です。ご利用環境に合わせて修正して下さい。

2) VPNpi-151112.img (WebCTRL ver.1.02 Raspbian Wheezy )の場合

/etc/network/interfaces 内容を下記のように修正してください。

元の設定
iface br0 inet dhcp

変更後
iface br0 inet static
address 192.168.11.240
netmask 255.255.255.0
gateway 192.168.11.1
dns-nameservers 192.168.11.1

 上記はルーターが192.168.11.1でIPを192.168.11.240に固定する場合です。ご利用環境に合わせて修正して下さい。


※1 ルーターのポート開放作業とVPNpiのIP固定を遠隔操作で承ります。料金その他はお問い合わせ下さい。